年末調整で投資利益は申告不要？会社員が知るべき税金と確定申告の基本

年末調整と投資利益の関係をわかりやすく表したイラスト。給与明細や確定申告書、上昇するグラフ、会社員の女性のイメージを使って、投資と税金のつながりを表現している。

投資を始めた会社員が戸惑う「年末調整と確定申告の違い」

近年、会社員でも株式や投資信託、NISAなどを活用して資産運用を始める人が増えています。
しかし、「年末調整で投資の利益も処理されるの？」「確定申告は不要なの？」と疑問を持つ人も多いでしょう。

給与所得者は、基本的に勤務先が税金の計算と精算を行うため、自分で確定申告をする機会は少ないです。
一方、投資による利益は“年末調整では扱われない”ケースがほとんどです。

この記事では、会社員が投資を行った際に年末調整で何が処理され、どんな場合に確定申告が必要になるのかを、わかりやすく解説します。

年末調整で処理される所得と処理されない所得の違い

まず最初に、年末調整で処理できる所得とできない所得を整理してみましょう。

区分	内容	年末調整で処理できるか
給与所得	会社からの給料・賞与	〇（自動で処理）
配当所得	株式や投資信託の配当金	×（原則対象外）
譲渡所得	株式や投信の売却益	×（対象外）
不動産所得	家賃収入など	×（対象外）
雑所得	副業・仮想通貨など	×（対象外）

つまり、年末調整で完結するのは「給与所得」だけ。
投資や副業などで得た利益は、自分で確定申告しなければ税務処理が完了しません。

株式や投資信託の利益は年末調整で申告不要な場合もある

ただし、全ての投資が申告対象というわけではありません。
実は、証券会社の「口座区分」によって申告が不要になるケースもあります。

1. 源泉徴収ありの特定口座なら申告不要

もっとも多いのが、「特定口座（源泉徴収あり）」を選択している場合です。
この口座では、取引のたびに証券会社が自動的に税金（20.315％）を計算・納付してくれます。

そのため、会社員であっても投資利益を確定申告しなくてOKです。
年末調整でも処理する必要はありません。

✅ポイント：
・売却益や配当金はすべて自動で課税
・確定申告の手間なし
・税金を払いすぎる心配も少ない

2. 源泉徴収なしの特定口座・一般口座は申告が必要

一方、「特定口座（源泉徴収なし）」または「一般口座」を利用している場合は、
自分で確定申告を行う必要があります。

この場合、証券会社から送られる「年間取引報告書」をもとに、
利益・損失を申告し、税金を支払う形になります。

特に一般口座は年間取引明細を自分で集計する必要があるため、初心者にはややハードルが高いです。

3. NISA口座は完全非課税で申告不要

「少額投資非課税制度（NISA）」で運用している場合、利益・配当ともに非課税となります。
そのため、確定申告や年末調整の対象にもなりません。

口座種類	税金の扱い	確定申告
特定口座（源泉徴収あり）	自動で課税	不要
特定口座（源泉徴収なし）	自分で申告	必要
一般口座	自分で集計・申告	必要
NISA口座	非課税	不要

配当金の扱いによって申告が必要になるケースもある

株式や投資信託を保有していると、配当金を受け取る機会もあります。
実はこの配当金の受け取り方によって、申告が必要になる場合があるのです。

配当金の受け取り方法の違い

受け取り方法	税金の扱い	確定申告の必要性
証券口座で受け取る（源泉徴収あり）	自動で税金が差し引かれる	不要
登録配当金受領口座方式（銀行受取）	一律20.315％源泉徴収	原則不要
配当金領収証方式（郵便受取）	一律課税	原則不要

ここまでは、いずれも税金が自動で処理されるため、年末調整も確定申告も不要です。

ただし、配当控除を利用したい場合は、あえて申告したほうが得になるケースがあります。

配当控除を利用して節税する方法

配当控除とは、上場株式などの配当金に対して一定額を所得税・住民税から差し引く制度です。
申告分離課税または総合課税を選ぶことで適用できます。

特に所得が少ない人（年収400万円以下など）は、申告することで還付金が戻る可能性があります。

✅チェックポイント：
・配当控除は確定申告を行わないと適用されない
・給与所得と合算して課税されるため注意が必要
・住民税のみ申告する「住民税申告書」も利用可能

投資損失がある場合は確定申告で節税できる

年末調整では損失を扱うことはできませんが、確定申告を行うことで節税に活かせます。
特に「損益通算」や「損失の繰越控除」という制度は、投資家にとって重要です。

損益通算とは？

同一年内で利益と損失を相殺して課税所得を減らす制度です。

たとえば：

A社株で＋50万円の利益
B社株で−40万円の損失

➡ 損益通算後の課税対象は＋10万円のみになります。

その結果、税金（約2万円）が節約できるという仕組みです。

損失の繰越控除とは？

損益通算をしても損失が残った場合、翌年以降3年間まで繰り越せます。

年度	収支	課税対象
1年目	−60万円	繰越
2年目	＋30万円	−30万円（繰越）
3年目	＋20万円	10万円課税

このように、損失をうまく活かすことで将来の税負担を抑えられます。

年末調整ではカバーできない「投資の税金」

ここで改めて確認しておきたいのが、年末調整では投資に関する税金を処理できないという点です。

会社員が勤務先を通じて受ける年末調整は、給与所得に関する税額調整のみ。
一方、投資利益は「申告分離課税」という別枠で課税されるため、
勤務先のシステムでは処理されません。

そのため、

複数口座を利用している
NISA以外で取引している
損失を翌年に繰り越したい

といったケースでは、自分で確定申告を行う必要があります。

会社員が確定申告すべき5つのケース

投資利益がある会社員の中には、「自分は確定申告が必要なのか？」と悩む方も多いでしょう。
ここでは、年末調整では完結しないため、確定申告を行うべき代表的な5つのケースを紹介します。

1. 「特定口座（源泉徴収なし）」または「一般口座」を使っている場合

これらの口座では、証券会社が税金を自動的に納付してくれません。
そのため、利益が出た年は必ず確定申告をして納税する必要があります。

また、複数の証券口座を利用している場合も、それぞれの取引を合算して申告します。
税金の二重払いを防ぐためにも、年間取引報告書をきちんと確認しましょう。

2. 損失を翌年以降に繰り越したい場合

1年で損失が出た場合でも、「損失の繰越控除」を利用すれば翌年以降の利益と相殺できます。
これを適用するには毎年確定申告を継続することが必須です。

もし1年でも申告を怠ると、翌年以降に繰り越せなくなってしまうため注意が必要です。

💡ワンポイント
投資初心者でも、赤字の年に確定申告しておくことで「節税の種」を残せます。
翌年以降の利益が出たとき、税負担を大きく軽減できる可能性があります。

3. 配当控除を使って税金を取り戻したい場合

給与所得が少ない人や、扶養内で働く配偶者などは、配当控除の申告をすることで還付金を受け取れるケースがあります。

たとえば、年間配当金が10万円程度でも、所得水準によっては数千円〜1万円ほど税金が戻ることもあります。
源泉徴収されている場合でも、確定申告を行うことで節税が可能です。

4. NISAと課税口座を併用している場合

NISA口座の利益は非課税ですが、課税口座（特定・一般）での利益や損失は申告対象です。
たとえば、NISAで利益が出て、課税口座で損失が出た場合でも、損益通算はできません。

しかし、課税口座内での取引に関しては損益通算・繰越控除が使えるため、
NISAと併用している人も確定申告の確認が重要です。

5. 複数の収入源（副業など）がある場合

副業収入や不動産収入がある会社員は、投資利益と合わせて総合課税の対象となることがあります。
年間の副業所得が20万円を超えると確定申告が必要となるため、
投資の利益とあわせて整理しておくとスムーズです。

投資利益を確定申告する際の基本的な流れ

では、実際に会社員が投資利益を確定申告する場合、どのような手順で行えばよいのでしょうか。
ここでは、投資初心者にもわかりやすい5ステップで解説します。

ステップ1：年間取引報告書を準備する

証券会社は、1年間の売却益や配当金の情報をまとめた「年間取引報告書」を発行します。
これは確定申告の必須資料であり、オンライン証券ではマイページからPDFでダウンロード可能です。

ステップ2：確定申告書等作成コーナーで入力

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（またはfreee・マネーフォワードなどの会計ソフト）を利用し、
次の項目を入力します。

株式等の譲渡所得等の金額
配当所得の金額
損益通算・繰越損失の金額
配当控除の有無

ステップ3：源泉徴収票を添付して提出

会社員は勤務先の源泉徴収票も必要です。
給与所得と投資所得を正しく区分し、税額を再計算します。

電子申告（e-Tax）を利用すれば、紙の書類提出は不要です。

ステップ4：還付または納税を確認

申告が完了すると、税額が再計算され、以下のいずれかになります。

状況	結果
税金を多く納めていた	還付金が振り込まれる
税金が不足していた	追加納税（クレカ・口座振替）

ステップ5：損失の繰越を忘れずに申請

損失が出ている年は、忘れずに「繰越控除」のチェックを入れましょう。
翌年以降に自動で引き継がれるため、節税効果を最大化できます。

投資の税金を最適化する3つのポイント

確定申告や年末調整を正しく理解すれば、投資の税金を大きく減らすことも可能です。
ここでは、初心者でも取り入れやすい3つの節税テクニックを紹介します。

① NISA・iDeCoなど非課税制度をフル活用する

NISA：運用益・配当金が非課税
iDeCo：掛金が全額所得控除

特にiDeCoは、給与所得から控除されるため、年末調整で節税効果が直に反映されます。
一方、NISAは確定申告不要のため、手間なく税金を抑えることが可能です。

② 配当控除・損益通算を上手に組み合わせる

「配当控除」で配当所得の税率を下げ、「損益通算」で利益と損失を相殺すれば、
所得税・住民税の両方で節税効果が得られます。

ただし、配当控除を適用する場合は総合課税を選択する必要があるため、
所得水準によっては逆に不利になる場合も。
申告書作成コーナーの自動計算機能を利用して、比較シミュレーションするのがおすすめです。

③ 複数口座の損益を一本化して管理する

複数の証券口座を持っている場合、それぞれの損益を合算して申告しなければなりません。
特定口座を活用すれば取引記録が一元管理され、税務処理も簡単になります。

freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ソフトを活用すると、
証券口座と自動連携して損益データを集約でき、申告の手間が大幅に減ります。

会社員が「確定申告しないと損する」パターンとは？

一見、源泉徴収あり口座を使っていれば安心と思われがちですが、
実は「申告した方が得」になるパターンも存在します。

ケース1：複数の証券会社を利用している場合

A証券では利益、B証券では損失が出ていると、源泉徴収が相殺されず払いすぎてしまうことがあります。
確定申告で損益通算すれば、払いすぎた税金を取り戻せます。

ケース2：所得が少ない年

転職・産休・時短勤務などで年収が下がった年は、
総合課税を選択して配当控除を適用することで、税金を取り戻せる可能性があります。

ケース3：ふるさと納税を併用している場合

ふるさと納税を確定申告で行う場合、投資所得も含めて再計算されます。
投資の申告を省略すると、控除額が正しく反映されないことがあるため注意が必要です。

確定申告でミスしないためのチェックリスト

チェック項目	内容
✅ 年間取引報告書を入手したか	各証券会社からPDFをダウンロード
✅ 配当金の課税区分を確認したか	総合課税・申告分離課税の違い
✅ 損益通算の対象を整理したか	同一課税区分のみ通算可能
✅ iDeCo・NISA口座は除外したか	非課税口座は申告不要
✅ e-Taxの利用環境を整えたか	マイナンバーカード・ICカードリーダーを準備